大雄寶殿
新馬寺雖屬於現代化的建築，儘管如此，主要的殿堂仍結合了佛教的傳統元素。未出世內正中的位置的大雄寶殿，採用了環保節能概念，利用窗口雨天華安的透明玻璃設計達到日照照明的目的，調高二層樓的空間規劃，也讓信徒感受到大雄寶殿的寬廣莊嚴。
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禪堂
「禪堂」是供給禪修者參禪打坐的寧靜空間，是照見自我本性，悟出人生真理的地方。在新馬寺禪堂的入口處，可以看見牆上貼著星雲大師親書墨寶「入佛知見，法水流心」。民眾若要沈澱思緒，可以參與禪修活動，體驗禪坐的美妙，同時還可以聆聽禪師的開示。
點擊前往抄經堂
抄經堂內光線明亮，讓人感覺清淨，舒適，能容納44人同時抄經。在每個座位上，備有一份毛氈墊，自動毛筆和筆架，供來者書寫。抄經堂準備了各式的描紅，到訪的信眾若能逗留較長時間，可以選擇抄寫《般若波羅蜜多心經》;若只能作短暫逗留，則可以選擇抄寫簡短的《佛光菜根譚》。
點擊前往大覺文化音樂廳
新馬寺作為教育文化中心，設立大覺堂，不只為舞台藝術表演者提供表演平台，也是為南馬地區增添音樂文化的推廣管道。文化藝術跨越種族、宗教，大覺堂歡迎有族同胞前來進行文化交流，不只增進彼此的了解，也觸進種族和諧。
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